弘武五年，西藏五世达赖应中华女皇之邀率员入京朝觐。随行的不但有黄教的诸多高级僧侣，更有不少出家的蒙古王亲贵族陪同左右。场面之宏大、壮观为历年少见。就连见贯了大场面的南京百姓在许多年之后提起此事，亦会神色兴奋地滔滔不绝说上一通。

事实上，这并不是西藏僧俗领袖第一次来中原朝觐。明朝自接替元朝起，便继承了治理西藏的权力。当时的明朝为保证对西藏管理政策的连续性，对元代官职名称、品秩大部原状保留。故而对西藏主要采取了“因其故俗”的宽松政策。推行卫所制，在西藏中部和东部分别设立“乌思藏行都指挥使司”与“朵甘行都指挥使司”，隶属西安行都指挥使司，相当于行省军区机构，兼理民政。另在阿里设置“俄力思军民元帅府”，封搠思公失监为元帅。完善了从指挥使、宣慰使到万户、千户、百户等各级职位及他们的职权和封建义务，僧俗官员均由中央任命。

此外，明朝鉴于当时西藏佛教各教派势力争雄，各霸一方的现实，一改元朝只推崇萨迦派一派的做法，对西藏各教派采取多封众建，凡有实力的教派首领，都赐加封号，使其为朝廷效忠。明朝先后赐封了噶玛噶举派哈立麻为“大宝法王”，萨迦派昆泽思巴为“大乘法王”，对后来居上的格鲁派（黄教）释迦也失先封为国师，后加封“大慈法王”。这三大法王中以“大宝法王”地位最高，噶玛噶举派最受重视。法王奉朝廷使命，行使地方职权。法王之下还封有“赞善王”、“护教王”、“阐教王”、大国师、国师等等。均各有管辖领地。明朝对赐封过的上层僧俗领袖人物都确立朝贡关系，特发凭证准予进京朝贡。每逢贡期节庆，各地僧俗首领都遣使或亲自来京朝贺，呈贡方物谢恩，朝廷对来使都给予大量回赐，其数量和质量均远远超过朝贡品。致使朝贡使团不绝于途，由此也密切了西藏上层与中原中央的往来关系。

自中原战事平定，中华朝建立之后，如何接管西藏便成了弘武女皇所关心的重中之重。不过由于明朝后期内乱外患不断无暇顾及西藏。因此，朝中大臣对西藏的现实情况也知之甚少。他们中的不少人甚至还以为西藏至今仍在萨迦派（红教）的控制之下。相比之下，反倒是自二十一世纪的孙露对西藏了解的更深一些。凭着自己的记忆，弘武女皇在即位后便下旨派人携函入藏邀请班禅和达赖。（孙露也只知道这两个喇嘛教领袖）出乎她意料的是，五世达赖很快就给了她答复，并在两年后欣然应邀赶来了南京。如此顺利就得到西藏方面的响应让孙露欣慰不已。然而她却并不知晓，此刻中华帝国之所以能一针见血地抓住西藏局势的要害，完全是得益于西蒙古人的“帮助”。

其实在1636年时，西藏的格鲁派（黄教）曾受到过一大威胁，原红教的保护者、西藏第巴藏巴王占据了拉萨。不得已之下，五世达赖喇嘛阿旺·罗桑嘉措便向位于青海的，西蒙古和硕特王国的顾实汗寻求帮助。与诸多蒙古王亲一样，顾实汗也是一个忠实的格鲁派教徒。在收到达赖的求救信后，他立即联络了其他西蒙古王公，组成联盟共同入藏救援达赖。该同盟包括了顾实汗的侄儿、斋桑湖地区和塞米巴拉金斯克的鄂齐尔图和阿巴赖台吉；绰罗斯部首领巴图尔洪台吉，他当时统治着乌伦古河流域、黑额尔齐斯河流域和塔尔巴哈台的叶密立河流域；甚至连远在里海的土尔扈特首领和鄂尔勒克也加入了进来。当然真正负责指挥作战的仅是顾实汗与他的兄弟昆都仑乌巴什。

1639年，顾实汗率领蒙古联军第一次入藏。他很快就打败了红教的支持者和原本教巫师。之后在1642年的第二次战役中，他又捉住了红教领袖第巴藏巴，占领了拉萨，一举推翻了噶玛王朝并建立了以黄教为主体的噶丹颇章政权。自此确立了黄教在西藏三百多年的统治，而达赖喇嘛也从那时起成了西藏至高无上的政教领袖。作为回报，顾实汗得到了喇嘛教上层的承认，并被视做拉萨地区黄教的保护者和世俗权力的代表人，成了名副其实的“西藏可汗”。他的硕特王国也由原先的青海、柴达木地区扩张到了北部西藏。

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